本法人の前身は、財団法人長崎市社会事業助成協会で、昭和7年6月1日に設立された。
設立時の目的は、救護法の補完的機構として長崎市における防貧対策、社会事情調査、社会事業団体への助成等を行うことであった。
その財源の主力を「花の日」収入でまかなっており、毎年10月上旬に「花の日」を設け一般市民・官公庁・学校等に浄財の寄付を求め、
その証として造花を胸につけ社会事業に対する市民の意識の高揚を図った。

これが、わが国における共同募金の始まりとされており昭和22年まで実施された。
戦前における主たる事業は、生活困窮者の救済・託児所の経営・無料住宅の設置・社会事業調査・結婚相談所の運営等である。
戦後においては、失業者対策・生活困窮者救済のため、昭和22年に授産施設、「八坂授産場」を開設し、昭和23年には大浦保育園を開設した。
昭和27年5月20日、社会福祉法人長崎市社会福祉事業協会に改組改称し、昭和31年に桐ノ木保育園、昭和45年には滑石保育園を開設、
平成18年9月、八坂授産場を長崎市古賀町に移転改築、平成19年4月1日に、障害者自立支援法に基づく障害者福祉サービス事業所「ワークセンターほたる」を開設した。

平成25年7月1日、大浦保育園を移転改築すると同時に放課後児童健全育成事業「オランダ坂児童クラブ」を併設した。　また、平成28年4月1日「グループホーム太陽」を新たに建設し障害者の住まいの場を確保設置した。平成29年度から2ヵ年事業で建設工事中であった滑石保育園園舎が平成31年2月に新装完成し児童定員を130名に増員するとともに、滑石保育園の関連事業として放課後児童健全育成事業「滑石学童クラブひまわり」を平成31年4月1日付、運営委員会より引き継ぎ運営を開始した。

平成31年4月1日、大浦保育園を「幼保連携型認定こども園」へ移行し、児童定員を115名とした。障害者関係事業では、令和元年7月1日付、障害児者相談支援事業「障害児者相談支援センター太陽」を新たに指定開設した。令和2年12月25日、滑石学童クラブ「ひまわり館」を新築開設し、令和4年4月1日、滑石保育園を「幼保連携型認定こども園」へ移行し、児童定員を145名とした。現在、生活保護授産１、障害者サービス事業　就労継続支援A型１、就労継続支援B型１、障害者共同生活援助・短期入所グループホーム２、障害児者相談支援事業、保育園１、幼保連携型認定こども園２、放課後児童健全育成事業２、収益事業及び生活困窮者に対する相談支援事業、以上の事業を経営する法人である。